统筹节水技术推广和价格机制促进节水情况等因素，合理确定农业水价水平，既要推进水价改革，又不增加农业用水负担。坚持因地制宜改革水价机制，不搞“一刀切”。

渠灌区和井灌区的灌溉形式不同，水价构成项目不同，应建立不同的价格形成机制。《意见》指出对于渠灌区，建立农业用水终端水价与骨干工程供水价格联动机制，利于今后理顺和疏导骨干工程供水价格调整；鼓励农业规模化生产、用水大户与供水方（骨干工程管理单位和农民用水协会）按照自愿平等原则，协商确定供水价格。对于用水计量设施配套的井灌区，按用水量核定价格；形成单方水价，应包括动力费用、设施维护费用和管理费、误工补助等。

《意见》指出通过测算成本或调查成本核定农业水价的，定价试行期为3年。3年后，根据成本监审情况对试行价格进行校核。县乡用水协会要做好用水量、水费等资料归集工作。同时，积极探索对末级渠系运行维护费用、运行维护服务管理实行政府购买服务，鼓励有条件的地方对灌区末级渠系设施改造、大修。

《意见》指出区分粮食作物、经济作物（含一般经济作物、畜禽养殖、高附加值经济作物、林果业、水产养殖和设施农业）等，在终端用水环节实行分类水价。以加强农业用水定额管理为基础，以多用水多付费为原则，实行超定额分档累进加价制度。实施改革的渠灌区、井灌区，应积极推行智能卡收费系统，提高水费收取率和管理水平。

《意见》还指出推行水费公开，健全监督管理。各级用水协会应在其办公场所、充值点公示农业水价具体标准，提高水价政策的透明度，规范水费收取行为。